是的，医疗器械自由销售证书的申请通常需要在每个国家单独办理。不同国家有不同的法规和监管要求，因此您需要根据目标市场的要求分别申请医疗器械自由销售证书。

每个国家的医疗器械法规、审批流程、申请文件和要求可能都不同，因此您需要对目标市场进行详细的研究，了解其医疗器械注册认证的要求，并按照其要求递交申请。这意味着您可能需要在每个国家都进行单独的申请，提交适用于该国家的文件和资料，以获得医疗器械自由销售证书。

如果您计划将产品进入多个国家市场，您可能需要同时处理多个国家的注册认证流程。这可能需要耗费更多的时间、资源和精力。为了确保成功申请并遵守各国的法规，您可能需要与专业的认证机构或顾问团队合作，以确保您的申请满足各国的要求。