要申请日本PMDA医疗器械注册，企业通常需要按照以下步骤进行：

1. 委托代理：首先，企业可以选择委托专业的医药注册咨询公司作为代理，协助办理PMDA医疗器械注册。这些咨询公司通常熟悉PMDA的注册要求和程序，可以提供全面的指导和支持。

2. 准备申请材料：根据PMDA的要求，企业需要准备完整的注册申请材料，包括医疗器械的技术资料、性能数据、质量管理体系、临床试验数据（如果适用）、标签和使用说明书等。确保申请材料的准确性和完整性非常重要，以避免审批延误或拒绝。

3. 申请递交：将完整的注册申请材料递交给PMDA。递交的方式通常是在线提交，但具体的递交方式可能会根据PMDA的要求而有所不同。

4. 审核和评估：PMDA收到申请后，会对材料进行审核和评估。这个过程可能需要一定的时间，PMDA可能会要求企业提供额外的信息或进行补充试验。

5. 临床试验（如果适用）：对于需要进行临床试验的医疗器械，企业需要在日本进行试验，并将试验结果提交给PMDA。

6. 审批和注册：如果医疗器械符合PMDA的要求，通过审核和评估，PMDA会发放医疗器械注册证书，表示该医疗器械在日本市场上合法销售。

7. 市场准入：获得注册证书后，企业可以将医疗器械合法地销售在日本市场上。

关于在哪里办理PMDA医疗器械注册，通常企业可以通过在线提交申请材料给PMDA。此外，如果企业委托了专业的医药注册咨询公司作为代理，这些咨询公司会在日本境内与PMDA直接联系并代表企业进行申请和沟通。

由于医疗器械注册涉及复杂的法规和审批程序，建议企业在进行PMDA医疗器械注册时，与PMDA或专业的医药注册咨询公司合作，进行详细的咨询和评估，以确保准备充分，并能够顺利完成注册流程。